A primeira capelinha (dedicada à Nossa Senhora das Mercês), de barro batido, já existia em 1820.
       Em 14 de julho de 1832, a Capela de Nossa Senhora das Mercês do Cágado, pertencente à Arquidiocese do Rio de Janeiro, foi elevada a Curato, com filial em São José do Paraíba. A elevação de Curato para Paróquia, deu-se em 24 de setembro de 1851, ano da elevação do Arraial do Cágado a Vila (que passa a chamar-se Vila de Mar de Espanha).
       Entre 1832 e 1840, sob os auspícios de Custódio Ferreira Leite, foi construída a segunda capela, uma construção simples com uma torre. Sendo seu acabamento pouco esmerado, já em 1872, foi interditada, devido ao seu péssimo estado de conservação; nessa ocasião a Câmara oficializa às autoridades eclesiásticas e solicita a proibição dos ofícios religiosos, tendo em vista a ameaça à integridade física dos fiéis.
       Entre 1872-1886, sob o patrocínio e a proteção da Irmandade Nossa Senhora das Mercês, com grande imponência física e arquitetônica foi iniciada a construção da Matriz.
       A construção foi encomendada e supervisionada pelo português Serafim José Pinto. Os arcos do pórtico e o cruzeiro foram confeccionados em cantaria, sendo o mármore fornecida por Carlos Urbano Rolier Duarte, da fazenda da Arribada. Os Altares da Capela-Mor e os laterais, bem como a escada em caracol que dá acesso à torre e ao coro, foram construídos na Alemanha. As lajes do passeio externo vieram de São Tomé das Letras.
       Em 24 de setembro de 1886, com grande aparato e festejos, foi inaugurada a atual Igreja Matriz de Nossa Senhora das Mercês.
       A Paróquia de Nossa Senhora das Mercês de Mar de Espanha, foi transferida da Arquidiocese do Rio de Janeiro para a de Mariana em 16 de julho de 1897. Hoje o Santuário pertence à Arquidiocese de Juiz de Fora.
       Por ocasião do Centenário da Igreja Matriz, em 24 de setembro de 1986, tendo em vista sua importância histórica, religiosa, social, política, arquitetônica e artística, o Arcebispo de Juiz Fora, Dom Juvenal Roriz, de acordo com o Código de Direito Canônico (cânons, 1230-1234), decreta e constitui como santuário a Igreja Matriz de Nossa Senhora das Mercês. A partir daí, o Santuário passa a gozar de todos os privilégios concedidos pelo citado Código e às Indulgências estabelecidas no "Enchiridion Indulgentiaram" – 1986. Para Reitor do Santuário, foi nomeado o Padre Wilson Rogério Campos Delgado, atual Pároco. Na mesma ocasião, Sua Santidade, o Papa João Paulo II, concedeu uma especial Bênção Apostólica, ao Pároco e à Comunidade.